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今ある屋根付きの建物にMKスカイウォーカーを設置することは可能でしょうか？

もちろん問題ありません。
MKではスカイウォーカーはリクエストに応じてカスタマイズできます。
また、形も円形や正方形又は長方形の屋根に吊るすこともできます。